Johannes Nicolaus Graf de la Fontaine und d’Harnoncourt-Unverzagt wurde am 6. Dezember 1929 in Berlin geboren. Er ist ein Ur-Urenkel des habsburgischen Erzherzogs Johann, der Anfang des 19. Jahrhunderts die Montanschule Leoben und das Joanneum Graz, Vorläufer der Technischen Universität Graz, gründete.
In Graz und in Grundlsee bekam er ersten Cello-Unterricht, bevor er in Wien bei Emanuel Brabec studierte. 1947 trat er als Cellist bei den Wiener Symphonikern ein, die von Herbert von Karajan geleitet wurden. Dort blieb er fest angestellt bis 1969.
1953 heiratete er Alice Hoffelner, mit der er den Musikkreis Concentus Musicus gründete. Der erste Auftritt dieses Ensembles erfolgte im Jahre 1958.
1972 bis 1992 unterrichtete Harnoncourt am Salzburger Mozarteum Aufführungspraxis und historische Instrumentenkunde. Nur zögernd begann er als Dirigent zu arbeiten, als erstes an der Mailänder Scala 1972 mit einem Werk Monteverdis. Mit den Bach-Passionen intensivierte sich diese Tätigkeit in den 70er Jahren in Amsterdam.
1983 dirigierte er erstmals die Wiener Symphoniker, 1984 die Wiener Philharmoniker. 2001 und 2003 dirigierte er das Neujahrskonzert.
Operndirigate startete er 1975 in Zürich unter der Regie von Jean-Pierre Ponnelle mit einem Monteverdi-Zyklus, woran sich ein Mozart-Zyklus anschloss. Seine erste Oper in Salzburg, Le Nozze di Figaro, dirigierte er unter der Regie von Luc Bondy. Die 1987 in Graz gegründete Styriarte fand einen Höhepunkt mit der 2005 von Harnoncourt dirigierten Carmen. 2008 führte er erstmals mit Idomeneo in Graz Regie. Nicolaus Harnoncourt verstarb am 5. März 2016.
Schriften (Auswahl)
Da es unmöglich ist, Harnoncourts musikalisches Schaffen auf knappem Raum zu listen, seien seine im Residenz-Verlag erschienenen Schriften aufgeführt:
Musik als Klangrede. Wege zu einem neuen Musikverständnis, 1982
Der musikalische Dialog. Gedanken zu Monteverdi, Bach und Mozart, 1984
Die Macht der Musik. Zwei Reden, 1993
Was ist Wahrheit? Zwei Reden, 1995
Mozart Dialoge. Gedanken zur Gegenwart der Musik, 2005
Töne sind höhere Worte. Gespräche zur Interpretation romantischer Musik, 2007
Harnoncourt gehörte zu den bedeutendsten Dirigenten der Gegenwart. Als Interpret, der sich vor allem Alter Musik mit wissenschaftlicher Akribie nähert und der jüngere Opernwerke stets mit zwar werktreuer aber ungewöhnlicher Interpretation zu Gehör brachte, hat er in vielem die moderne Aufführungspraxis revolutioniert. Nach eigenem Bekunden ist die „styriarte“ jenes Festival, wo Harnoncourt seine Interpretationen am konsequentesten verwirklicht hatte – weshalb er für die Aufführung von Mozarts „Idomeneo“ im Jahre 2008 zusammen mit seinem Sohn auch zum ersten Mal Regie führte.