Ernst Fehr wurde am 21. Juni 1956 in Hard, Vorarlberg, geboren. Er studierte von 1975 bis 1980 Volkswirtschaftslehre an der Universität Wien und promovierte 1986. Zwischen 1980 und 1982 war er als Assistent am Institut für Volkswirtschaftslehre der Universität Wien (Lehrstuhl von Alexander Van der Bellen) tätig. Von 1982 bis 1991 wirkte er als Assistenzprofessor an der Technischen Universität Wien (Lehrstuhl von Helmut Frisch). 1991 habilitierte er für das Fach Volkswirtschaftlehre und war von 1991 bis 1994 als außerordentlicher Professor an der Technischen Universität Wien tätig. Zwischen 1988 und 1989 bekleidete Fehr zudem eine Forschungsstelle an der London School of Economics. Seit 1994 ist Ernst Fehr ordentlicher Professor für Mikroökonomik und Experimentelle Wirtschaftsforschung an der Universität Zürich und fungiert als Direktor des 2011 neu geschaffenen Instituts für Volkswirtschaftslehre. Fehr hat zahlreiche Rufe an renommierte Universitäten abgelehnt, unter anderem an die Universität Bonn, die University of California, Berkeley, die University Cambridge und die University Oxford.
Ernst Fehr ist Gründungsmitglied und Verwaltungsratspräsident des Beratungsunternehmens FehrAdvice & Partners. Zudem ist er Initiator und Präsident des Stiftungsrats der Excellence Foundation Zurich for Economic and Social Research, die die Förderung „gesellschaftsrelevanter ökonomischer Spitzenforschung“ an der Universität Zürich zum Ziel hat.
Ernst Fehr ist Autor vielbeachteter Publikationen auf dem Gebiet der Wirtschaftswissenschaften.
Zahlreiche Ehrungen wurden Ernst Fehr zuteil. Er ist Ehrenmitglied der American Academy of Arts and Sciences, Mitglied der American Academy of Political and Social Sciences, externes Mitglied der Wirtschaftsfakultät des Massachusetts Institute of Technology und seit 2011 Global Distinguished Professor in Economics an der New York University. Im Jahr 2008 erhielt er den mit 100.000 Schweizer Franken dotierten Marcel-Benoist-Preis. 2011 wurde ihm der mit 10.000 Euro dotierte Vorarlberger Wissenschaftspreis verliehen.
Im Handelsblatt Ökonomen-Ranking 2011, das die Forschungsleistung von Ökonomen aus Deutschland, Österreich und der deutschsprachigen Schweiz analysiert, kam Fehr sowohl in der Kategorie „Aktuelle Forschungsleistung (seit 2007)“ als auch in der Kategorie „Top-250 Lebenswerk“ auf den dritten Platz.